Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory
|
|
| Creator |
Mitsutake, A.
Kinoshita, M. Hirata, F. Okamoto, Y. |
|
| Description |
The article reports an attempt to study the protein folding problem by generalized-ensemble Monte Carlo simulations with reference interaction site model theory. Generalized-ensemble algorithms greatly enhance the configurational space sampling in computer simulations. The reference interaction site model theory treats solvent effects with solvent molecular shape and estimate solvation free energy around proteins. We have developed simulation algorithms which combine generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory. This treatment can also use a simulation with three-dimensional reference interaction site model theory. In this review, we describe the methods and present the results of these simulations for a peptide. Стаття присвячена вивченню проблеми згортання протеїну в рамках комбiнацiї узагальненого ансамблю Монте-Карло та теорiї базисної моделi силових центрiв. Алгоритми узагальненого ансамблю можуть ефективно вибирати конфiгурацiйний простiр в комп’ютерних моделюваннях. Теорiя базисних взаємодiючих силових центрiв може враховувати ефекти розчинника в залежностi вiд форми молекул, визначаючи енергiю сольватацiї протеїнiв. Ми розробили комп’ютернi алгоритми, що комбiнують алгоритми узагальненого ансамблю i одновимiрну базисну модель взаємодiючих силових центрiв. Цей пiдхiд може бути також поєднаний з тривимiрною моделлю взаємодiючих силових центрiв. В даному оглядi описуються методи i представлено результати для пептиду. |
|
| Date |
2017-06-01T04:32:31Z
2017-06-01T04:32:31Z 2007 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory / A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto // Condensed Matter Physics. — 2007. — Т. 10, № 4(52). — С. 495-508. — Бібліогр.: 32 назв. — англ.
1607-324X PACS: 31.15.Qg, 61.25.Em, 87.15.Aa DOI:10.5488/CMP.10.4.495 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/118897 |
|
| Language |
en
|
|
| Relation |
Condensed Matter Physics
|
|
| Publisher |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
|
|