Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов
|
|
| Creator |
Демчук, О.Н.
Карпов, П.А. Блюм, Я.Б. |
|
| Subject |
Оригинальные работы
|
|
| Description |
Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ.
Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ. The opportunities to apply the CUDA technology for faster computations in structural biology and bioinformatics are reviewed and analyzed. Using HEX 6.1 software, we performed a comparative analysis of the efficiency and the increase in quality after CUDA application. The work was conducted on the example of rigid docking of low-molecular-weight compounds of different classes on the surface of the Arabidopsis thaliana FtsZ. Several potential binding sites of benzimidazoles to the plant FtsZ were identified. |
|
| Date |
2017-11-24T16:24:50Z
2017-11-24T16:24:50Z 2012 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного FtsZ-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов / О.Н. Демчук, П.А. Карпов, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2012. — Т. 46, № 3. — С. 55-64. — Бібліогр.: 54 назв. — рос.
0564-3783 DOI: 10.3103/S0095452712030048 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/126471 577.112.7(577.332+004.42) |
|
| Language |
ru
|
|
| Relation |
Цитология и генетика
|
|
| Publisher |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
|
|