Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TaMSH7
eKMAIR
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TaMSH7
Bioinformatic analysis of TaMSH7 Promoter Region |
|
| Creator |
Михайлик, Сергій
Антонюк, Максим |
|
| Subject |
TaMSH7
MSH7 5’UTR gene promoter region translation initiation site bisulfite sequencing CpG methylation site промоторна ділянка гена сайт ініціації трансляції бісульфітне секвенування СpG точка метилювання |
|
| Description |
Comparison of cDNA sequences of TaMSH7 gene and Triticum aestivum 3B chromosome revealed that TaMSH7 containі 15 introns and is localized in the position from 119371926 to 119373011 on 3B chromosome. Analysis of nine MSH7 5’UTR derived from different plants species, including cereals Oryza sativa and Zea mays, indicates that the cDNA sequence of TaMSH7 is probably shortened from 5’-end. Considering these data, a possible translation initiation codon ATG is located at 433-435 nucleotides upstream to the available cDNA gene sequence. Based on the analysis of the predicted promoter region of TaMH7 gene, a large number of CpG methylation points were determined. The methylation level of such points can reveal the features of gene expression regulation in the genomes of introgressive lines. An 816 bp sequence upstream to predicted TaMSH7 translation initiation site contains 75 CpG methylation sites and becomes a target for bisulfite sequencing to establish the predicted promoter region methylation level. The sequences of primers covering 31 site of methylation in the predicted promoter region of TaMSH7 gene were obtained by Bisulfite Primer Seeker software developed by Zymo (Irvine, CA, USA). Evaluating the level of CpG sites methylation within the predicted promoter region allows to specify features of TaMSH7 gene expression in Triticum aestivum. Possible differences in the methylation level of TaMSH7 predicted BY THE gene promoter region in genomes of introgressive wheat lines and in genomes of their parental forms may show if the presence of alien genetic material in genome affects the level of methylation within the promoter region of the studied gene. За результатом зіставлення послідовності кДНК гена TaMSH7 та послідовності 3В хромосоми Triticum aestivum встановлено, що ген TaMSH7 має 15 інтронів і на 3B хромосомі локалізований у положенні від 119371926 до 119373011. Дослідження 5’UTR ділянок генів MSH7 дев’яти рослин, в тому числі злаків Oryza sativa та Zea mays, вказує на те, що послідовність кДНК гена TaMSH7 ймовірно є вкороченою з 5’-кінця. Враховуючи ці дані, кандидатом на точку ініціації трансляції виступає кодон ATG у положенні 433-435 нуклеотидів перед геном. На основі аналізу ймовірної промоторної ділянки гена TaMSH7 встановлено велику кількість CpG точок метилювання, рівень метилювання яких може вказати на особливості регуляції експресії гена у геномах інтрогресивних ліній. Послідовність довжиною 816 нуклеотидів перед імовірним сайтом ініціації трансляції гена TaMSH7 містить 75 CpG сайтів метилювання і є мішенню для розробки праймерів з метою бісульфітного секвенування та встановлення рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки. З використанням програмного забезпечення Bisulfite Primer Seeker, розробленого фірмою Zymo (Irvine, CA, США), вдалося отримати послідовності праймерів, що охоплюють 31 сайт метилювання у ймовірній промоторній ділянці гена TaMSH7. Перевірка рівня метилювання CpG сайтів цієї ділянки дасть змогу вказати на особливості експресії гена TaMSH7. Порівняння рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки гена TaMSH7 інтрогресивних ліній пшениці та їхніх батьківських форм дозволить встановити, чи впливає на рівень метилювання промоторного регіону досліджуваного гена наявність або відсутність чужинного генетичного матеріалу у геномі. |
|
| Date |
2016-11-17T08:10:02Z
2016-11-17T08:10:02Z 2016 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Михайлик С. Ю. Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TTaaMMSSHH7 / Михайлик С. Ю., Антонюк М. З. // Наукові записки НаУКМА : Біологія та екологія. - 2016. - Т. 184. - С. 3-9.
http://ekmair.ukma.edu.ua/handle/123456789/9822 |
|
| Language |
ua
|
|
| Relation |
Наукові записки НаУКМА: Біологія та екологія
|
|