Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
|
|
| Creator |
Boyalska, O.G.
Kyrychuk, I.M. Budzanivska, I.G. Mironenko, A.P. Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. |
|
| Subject |
Viruses and Cell
|
|
| Description |
Aim. To perform phylogenetic analysis of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A(H3N2) viruses circulating in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season. To make comparison of the HA and NA genes sequences of the Zhytomyr region isolates with the HA and NA genes sequences of influenza viruses circulating in the world. Methods. Laboratory diagnosis was conducted by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). In this study the sequencing and phylogenetic analysis were carried out. Results. For the first time the genes of influenza A(H3N2) viruses isolated in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season, coding hemagglutinin and neuraminidase were compared with their orthologs. According to the results of this comparison the phylogenetic tree was constructed. Additionally, the amino acid substitutions of the influenza viruses circulating in Ukraine and worldwide were analyzed. Conclusions. The nucleotide sequences of the influenza A(H3N2) viruses genes HA and NA isolated in the Zhytomyr region were identified. Based on the nucleotide sequences of HA and NA we constructed the influenza virus phylogenetic tree demonstrating that the virus isolated in the Zhytomyr region was closely related to the Ukrainian isolate from Kharkov and in the world to the isolates from Germany, Romania, Italy.
Мета. Зробити філогенетичний аналіз генів гемаглютиніну (HA) і нейрамінідази (NA) вірусів грипу А(H3N2), що були поширені в Житомирській області під час епідемічного сезону 2013–2014рр. і порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Лабораторну діагностику здійснювали за допомогою ПЛР у реальному часі (real-time RT-PCR). Було проведено секвенування та філогенетичний аналіз. Результати. В епідемічному сезоні 2013–2014 рр. вперше було зроблено секвенування генів НА та NA вірусів грипу А(H3N2), виділених з клінічного матеріалу хворих з Житомирської області та в подальшому увійшли до бази даних вірусів грипу з усього світу (GISAID). Висновки. Житомирські ізоляти розташувались поряд з українським ізолятом з Харкова, а серед світових поряд з ізолятами з Німеччини, Румунії, Італії. В послідовностях генів гемаглютиніну було виявлено заміщення I214T. Виділені нами ізоляти в епідемічному сезоні 2013–2014рр. мали високу генетичну спорідненість (99 %) до вірусів, що знаходяться в групі на філогенетичному дереві, тому що мають синонімічне заміщення. Житомирські ізоляти розташувались у домінуючій групі в світі 3С групи 3 генетичного кластеру A/Victoria/208 і були подібними до вакцинного штаму A/Texas/ 50/2012. В послідовностях генів нейрамінідази суттєвих заміщень виявлено не було. Житомирські ізоляти, як і багато українських та світових ізолятів виявились подібними до референс-штаму A/AthensGR/112/2012, ніж до більш нових референс-вірусів. Цель. Провести филогенетический анализ генов гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA) вирусов гриппа А(H3N2), которые циркулировали в Житомирской области во время эпидемического сезона 2013–2014гг. и сравнить их с таковыми со всего мира. Методы. Лабораторную диагностику проводили с помощью ПЦР в реальном времени (real-time RT-PCR). Было проведено секвенирование и филогенетический анализ. Результаты. В эпидемическом сезоне 2013–2014гг. впервые было сделано секвинирование генов НА та NA вирусов гриппа А(H3N2), виделенных из клинического материала больных в Житомирськой области и в дальнейшем вошли в базу данных вирусов гриппа со всего мира (GISAID). Выводы. Житомирские изоляты разместились рядом с украинским изолятом из Харькова, а среди мировых рядом с изолятами из Германии, Румынии, Италии. В последовательностях генов гемагглютинина было выявлено замещение I214T. Выделенные нами изоляты в эпидемическом сезоне 2013–2014гг. имели высокое генетическое сходство (99 %) к вирусам, которые находяться в группе на филогенетическом дереве, так как имеют синонимическое замещение. Житомирские изоляты разместились в доминирующей субгруппе в мире 3С группы 3 генетического кластера A/ Victoria/208. В последовательностях генов нейраминидазы существенных мутаций не выявлено. Житомирские изоляты, как много украинских и мирових изолятов оказались подобными к референс-штамму A/AthensGR/112/2012, чем к более новым референс-вирусам. |
|
| Date |
2019-06-11T18:55:45Z
2019-06-11T18:55:45Z 2015 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season / O.G. Boyalska, I.M. Kyrychuk, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko, L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 3. — С. 226-232. — Бібліогр.: 15 назв. — англ.
0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008E4 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152475 575.22 + 578.53 |
|
| Language |
en
|
|
| Relation |
Вiopolymers and Cell
|
|
| Publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
|
|