Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих
|
|
| Creator |
Голуб, А.Г.
Одынец, К.А. Ныпорко, А.Ю. Корнелюк, А.И. |
|
| Subject |
Структура и функции биополимеров
|
|
| Description |
СООН-концевой модуль (С-модуль) цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз хордовых и насекомых гомологичен цитокину ЕМАР II млекопитающих (52,7 % идентичности) и в свободном состоянии обладает сходными биологическими свойствами в экспериментах in vitro. С использованием методов сравнительного моделирования по гомологии создана модель пространственной структуры С-модуля тирозил-тРНК синтетазы быка (Bos taurus). Основной частью С-модуля является домен с типом пространственной укладки ЮВ-fold» (В-домен, остатки Val363-Lys470)t содержащий пять β-складок, характерных для этого типа укладки. Подобно ряду «ОВ-fold»-доменов С-модуль имеет сродство к нуклеиновым кислотам. Сравнение модели С-модуля с антикодон-связывающими «ОВ-fold»-доменами аспартил- и лизил-тРНК синтетаз позволило предсказать поверхность взаимодействия с РНК и возможные функционально важные аминокислотные остатки. Структурная модель С-модуля является основой для дальнейшего изучения структуры и функций тирозил-тРНК синтетазы, ее взаимодействия с тРНКТуr, а также цитокин-подобных свойств свободного С-модуля.
СООН-кінцевий модуль (С-модуль) цитоплазматичних тиро- зил-тРНК синтетаз хордових і комах є гомологічним до цитокіну EMAP II ссавців (52,7 % ідентичності) і у вільному стані має схожі біологічні властивості в експериментах in vitro. З використанням методів порівняльного моделювання за гомологією створено модель просторової структури С-модуля тирозил-тРНК синтетази бика (Bos taurus). Головною частиною С-модуля є домен з типом просторового укладання «ОВ-fold» (В-домен, залишки Vat363-Lys470), який вміщує п'ять β-складок, що є характерними для цього типу. Подібно до ряду «ОВ-fold-доменів С-модуль має спорідненість до нуклеїнових кислот. Порівняння моделі С-модуля з антикодонзв' язу юними доменами аспартил- і лізил-тРНК синтетаз дозволило передбачити поверхню взаємодії з РНК і функціонально важливі амінокислотні залишки. Структурна модель С-модуля допоможе подальшому вивченню структури і функцій тирозил-тРНК синтетази, її взаємодії з тРНк , а також цитокін-подібних властивостей вільного С-модуля. COOH-terminal module (C-module) of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetases from chordate and insects is homologous to the mammalian cytokine EMAP II (52.7 % identity) and in free form has similar biological properties in experiments in vitro. The main part of C-module is a domain with «OB-fold» type of structure (B-domain, residues Val363-Lys470), containing five β-strands, which are characteristic for this fold type. Like some other «OB-fold»-containing domains C-module has affinity to nucleic acids. By using comparative homology modeling methods the C-module structure model of bovine (Bos taurus) tyrosyl-tRNA synthetase is created. The comparison of C-module model with anticodon-binding domains of aspartyl- and lysyl-tRNA synthetases allows to predict the interacting surface with RNA and some functionally important amino acid residues. The C-module structure model will help to study further the tyrosyl-tRNA synthetase structure and functions, its interaction with tRNATyr, and cytokine-like properties of the free C-module. |
|
| Date |
2019-06-14T11:33:21Z
2019-06-14T11:33:21Z 2000 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Моделирование пространственной структуры СООН-концевого цитокин-подобного модуля цитоплазматической тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих / А.Г. Голуб, К.А. Одынец, А.Ю. Ныпорко, А.И. Корнелюк // Биополимеры и клетка. — 2000. — Т. 16, № 6. — С. 515-524. — Бібліогр.: 49 назв. — рос.
0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000592 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153624 25.12.0025.12.0014:057 |
|
| Language |
ru
|
|
| Relation |
Биополимеры и клетка
|
|
| Publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
|
|