Expression of cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Expression of cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels
|
|
| Creator |
Gerashchenko, G.V.
Grygoruk, O.V. Rosenberg, E.E. Bondarenko, Yu.M. Kashuba, E.V. Kashuba, V.I. |
|
| Subject |
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
|
|
| Description |
Aim. To analyze an expression pattern of the cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels and find putative association between the expression of these genes and the genes, controlling epithelial to mesenchymal cell transition (EMT), the markers of prostate cancer and stromal elements. Methods. Relative expression of genes was assessed by a quantitative PCR in 29 prostate cancer tissue samples (T) of different Gleason score (GS) and tumor stage, 29 paired conventionally normal prostate tissue (CNT) samples and in 14 samples of prostate adenomas (A). Immunohistochemistry (IHC) was used to assess protein expression. Results. We found significant differences (p<0.05) in RE of three genes (FOS, PLAU, EPDR1) between the T, N and A groups. FOS was induced in T and CNT, compared with A whereas PLAU and EPDR1 were decreased. Noteworthy, RE of the five genes (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU and EPDR1) changed significantly, depending on GS (p<0.05) in T, compared to the A and/or CNT groups. Moreover, according to the K-means clustering, RE of the FOS, PLAU and EDPR1 genes varied in the tumor groups, consisting of cancers with different GS. The FOS protein signal was higher in adenocarcinomas, compared to hyperplasia. The same trend was demonstrated by q-PCR. FOS expression increased upon the tumor development i.e. was higher in the tumors at stage 3-4. PLAU expression was decreasing meanwhile, as was shown by q-PCR and IHC. Conclusions. IHC data allowed us to understand the high levels of RE dispersion. Mainly, it is due to the expression in other cell types, and not in the prostate gland cells. For the meaningful clustering, prognosis and also for the creation of specific biomarker panels, these two methods should be adequately merged.
Мета. Проаналізувати патерни експресії пухлино-асоційованих генів на рівнях мРНК та протеїнів та вивчити можливу асоціацію між експресією цих генів та генів, що контролюють епітеліально-мезенхимальний перехід, маркерів раку передміхурової залози та стромальних елементів. Методи. Відносні рівні експресії (ВЕ) генів були встановлені за допомогою кількісної ПЛР (кПЛР) у 29 зразках аденокарцином передміхурової залози (П) з різними ступенями Глісона (СГ) та стадіями захворювання, 29 парних умовно-нормальних тканин передміхурової залози (Н) та 14 зразках аденом (А). Імуногістохімія (ІГХ) була використана для встановлення рівнів експресії протеїнів. Результати. Виявлено значні відмінності ВЕ (p<0.05) для трьох генів (FOS, PLAU, EPDR1) між групами П, Н та А. FOS має підвищені рівні ВЕ у групах П та Н у порівнянні з А, тоді як PLAU та EPDR1 навпаки знижені рівні ВЕ у цих групах. Примітно, що п’ять генів (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU та EPDR1) мають зміни ВЕ в залежності від СГ у П у порівнянні з А та/або Н. Крім того, згідно кластеризації за методом К-центрів FOS, PLAU та EDPR1 мають різноманітні рінві ВЕ у групах аденокарцином з різними СГ. Білок FOS має підвищений сигнал у аденокарциномах у порівнянні з аденомами. Ті ж зміни продемонстровані й кПЛР. Експресія FOS підвищується при розвитку пухлин, тобто, вона є вищою у пухлинах з 3-4 стадією. Експресія PLAU навпаки знижується, як було показано кПЛР та ІГХ методами. Висновки. Дані IГХ дозволили зрозуміти високий рівень дисперсії ВЕ. В основному це пов'язано з експресією генів у інших типах клітин, а не тільки в клітинах передміхурової залози. Для успішної кластеризації, потенційного прогнозу та створення специфічних панелей біомаркерів ці два методи повинні бути адекватно об'єднані. Цель. Проанализировать паттерны экспрессии опухоль-ассоциированных генов на уровнях мРНК и белка и исследовать возможную ассоциацию между экспрессией этих генов и генов, которые контролируют эпителиально-мезенхимальных переход, маркеров рака простаты и стромальных элементов. Методы. Уровни относительной экспрессии (ОЭ) генов были установлены с помощью количественной ПЦР (кПЦР) в 29 образцах аденокарцином простаты (О) с различными степенями Глиссона (СГ) и стадиями заболевания, 29 парных условно-нормальных тканей простаты (Н) и 14 образцах аденом (А). Иммуногистохимия (ИГХ) была использована для установления уровней экспрессии белков. Результаты. Обнаружены значимые отличия ОЭ (p<0.05) для трех генов (FOS, PLAU, EPDR1) между группами О, Н и А. Для гена FOS выявлены повышенные урони ОЭ в группах О и Н по сравнению с А, тогда как для PLAU и EPDR1 наоборот обнаружены сниженные урони ОЭ в этих группах. Следует отметить, что пять генов (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU та EPDR1) имеют отличия ОЭ в зависимости от СГ в О по сравнению с А и/или Н. Кроме того, согласно данным кластеризации по методу К-центров FOS, PLAU та EDPR1 имеют различные ОЭ в группах аденокарцином с разными СГ. Белок FOS имеет повышение сигнала в аденокарциномах по сравнению с аденомами. Такие же изменения показал и кПЦР анализ. Экспрессия FOS повышается в процессе развития опухолей простаты, то есть она выше в опухолях 3-4 стадии. Экспрессия PLAU наоборот снижается, как было показано кПЦР и ИГХ методами. Выводы. Данные ИГХ позволили понять причину высокой дисперсии ОЭ. В основном это связано с наличием экспрессии генов в разных типах клеток, а не только в клетках простаты. Для успешной кластеризации, потенциального прогноза и создания специфических панелей биомаркеров эти два метода должны быть адекватно объединены для анализа. |
|
| Date |
2019-06-15T14:56:26Z
2019-06-15T14:56:26Z 2019 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Expression of cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels / G.V. Gerashchenko, O.V. Grygoruk, E.E. Rosenberg, Yu.M. Bondarenko, E.V. Kashuba, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2019. — Т. 35, № 1. — С. 39-53. — Бібліогр.: 24 назв. — англ.
0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000995 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154384 577.218+616.65 |
|
| Language |
en
|
|
| Relation |
Вiopolymers and Cell
|
|
| Publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
|
|