Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
|
|
| Creator |
Самійленко, С.П.
Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. |
|
| Subject |
Структура та функції біополімерів
|
|
| Description |
За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ**/1HF/6-31G**) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклеотидну основу з основної таутомерної форми N9H у високоенергетичну N7H з енергетичним виграшем 0,46 ккал/моль. Ефект досягається за рахунок вищої комплексотвірної здатності таутомеру N7H у порівняння з таутомером N9H, яка з надлишком компенсує підвищення внутрішньої енергії при переході N9HN7H( близько 3,90 ккал/моль). Обговорюється можлива біологічна роль отриманих результатів для перебігу елементарних актів білково-нуклеїнового впізнавання, зокрема, ферментативного каталізу.
По данным ab initio расчетов (MP2l6-31G**//HFl6-31G**) в вакууме, являющемся приемлемой имитацией гидрофобного окружения в местах белково-нуклеиновых контактов, специфическое взаимодействие ацетат-иона – модели депротонированной карбоксильной группы аспарагиновой и глутаминовой кислот – с пурином переводит основание из основной таутомер ной формы N9H в высокоэнергетическую N7H с энергетическим выигрышем 0,46 ккал/моль. Эффект достигается за счет большей комплексообразующей способности таутомера N7H в сравнении с таутомером N9H, которая с избытком компенсирует повышение внутренней энергии при переходе N9H → N7H (около 3,90 ккал/моль). Обсуждается возможная биологическая роль полученных результатов для элементарных актов белково-нуклеинового узнавания, в частности, ферментативного катализа. According to ab initio calculations (MP2/6-31G**//HF/6-31G**) In vacuum (which is an acceptable imitation of the hydrophobic medium at the sites of protein-nucleic acid contacts), specific interaction of the acetate onion (model of deprotonated residues of aspartic and glutamic acids) with the purine transforms this base from the N9H ground-state tautomeric form into the N7H high-energy tautomer (hE-EN7H-EN9H is about 4 kcul/mol) with the energy advantage of 0.46 kcal/moL The effect is achieved due to the higher complexation energy of the N7H tautomer as compared to the N9H one, which overcompensates the energy excess (about 3.90 kcal/mol) of the rare tautomer. A possible biological significance of the data obtained for more profound understanding of elementary acts of protein-nucleic acid recognition, in particular, the enzyme catalysis, is discussed. |
|
| Date |
2019-06-17T15:01:58Z
2019-06-17T15:01:58Z 2001 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр.
0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005DD http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155890 573.3 |
|
| Language |
uk
|
|
| Relation |
Біополімери і клітина
|
|
| Publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
|
|