Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов
Vernadsky National Library of Ukraine
Переглянути архів Інформація| Поле | Співвідношення | |
| Title |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов
|
|
| Creator |
Губский, А.Ю.
Зиньковский, В.Г. |
|
| Subject |
Структура та функції біополімерів
|
|
| Description |
С использованием математических методов анализа, а также специально разработанных алгоритмов установлено, что количество ранее обнаруженных в геноме мыши возможных сайтов – мишеней белков RAG1/2 (cRSS) в 5,4 раза превышает теоретически ожидаемое число. В 71 % случаев cRSS являются структурными элементами 390 типов повторов. В структуре около 5 % мотивов обнаружены нуклеотиды, типичные для большинства сигнальных последовательностей рекомбинации функциональных V, D, J-сегментов Ig- и Tcr-генов мыши (fRSS). Существование 25 % из них в ДНК анализируемого вида можно рассматривать как следствие случайных комбинаций нуклеотидов. Структуры спейсерных участков исследуемых 12cRSS и 23cRSS, как правило, имеют 58–67 и 30–47 % гомологии с аналогичными структурами fRSS соответственно.
З використанням математичних методів аналізу, а також спеціально розроблених алгоритмів встановлено, що кількість виявлених у геномі миші можливих сайтів – мішеней білків RAG1/2 в 5,4 разу перевищує теоретично очікуване число. У 71 % випадків cRSS є структурними елементами 390 типів повторів. У структурі близько 5 % мотивів виявлено нуклеотиди, типові для більшості сигнальних послідовностей рекомбінації функціональних V, D, J-сегментів Ig- і Tcr-генів миші (fRSS). Існування 25 % з них у ДНК досліджуваного виду потрібно розглядати як наслідок випадкових комбінацій нуклеотидів. Структури спейсерних ділянок аналізованих 12cRSS і 23cRSS, як правило, мають 58–67 і 30–47 % гомології з аналогічними структурами fRSS відповідно. We have established that the quantity of possible target-sites of RAG1/2 (cRSS) is 5.4 times higher than theoretically expected one using mathematical methods and specially developed algorithms. 71% of cases revealed cRSS in the structure of 390 types of repeats. The structure of 5% motives includes nucleotides, typical for the majority of signal sequences of recombination of functional V, D, J segments of Ig, Tcr mouse genes (fRSS). The existence of 25 % of such motives in mouse DNA may be considered as the consequence of random nucleotide combinations. In the majority of cases the structures of spacers 12cRSS and 23cRSS are 58–67 % and 30–47 % homologous to spacers 12fRSS and 23fRSS respectively. |
|
| Date |
2019-06-20T16:51:37Z
2019-06-20T16:51:37Z 2008 |
|
| Type |
Article
|
|
| Identifier |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов / А.Ю. Губский, В.Г. Зиньковский // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 112-122. — Бібліогр.: 18 назв. — рос., англ.
0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000798 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/157671 575.113 + 577 .2 + 599.89 |
|
| Language |
ru
|
|
| Relation |
Біополімери і клітина
|
|
| Publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
|
|